Ông là tác giả và dịch giả nhiều bài viết và sách văn học, triết học, cách ngôn, ngụ ngôn, tuồng hát tiếng Pháp dịch ra tiếng Việt và tùy bút. Gần như toàn bộ các tác phẩm của ông đều đăng trên tạp chí Nam Phong. Nhiều bài sau đó in lại thành sách do Đông Kinh ấn quán ở Hà Nội xuất bản.

Các tác phẩm của ông có thể chia làm ba loại:

Dịch thuật

Bao gồm các tác phẩm luận thuyết, phương pháp luận, sách cách ngôn, kịch bản và thơ văn...; Ông dịch các đoạn văn và tác phẩm từ tiếng Pháp, chủ yếu thiên về triết học, như triết học của Descartes. Tuy nhiên, ông cũng có dịch một số tác phẩm nghệ thuật như kịch của Corneille.

Khảo luận

Phần quan trọng nhất trong các tác phẩm của Phạm Quỳnh là các tác phẩm khảo cứu.[cần dẫn nguồn] Ông nghiên cứu trong các sách chữ nho, sách tiếng Pháp, và viết lại những bài chuyên khảo bằng tiếng Việt. Có ba ngành ông chú trọng, là:

• Các học thuyết Âu Tây, như trong Văn minh luận, Khảo về chính trị nước Pháp, Lịch sử và học thuyết của Rousseau, Lịch sử và học thuyết của Montesquieu, Lịch sử và học thuyết của Voltaire, v.v.
• Học thuật Á Đông, những bài về triết học và tôn giáo Á Đông như Phật giáo lược khảo, Cái quan niệm người quân tử trong triết học đạo Khổng, v.v.
• Văn hóa Việt Nam, với chủ đề trải rộng từ Tục ngữ ca dao, tới Việt Nam thi ca, tới Văn chương trong lối hát ả đào.

Nhiều tác phẩm của ông liên kết những học thuật Âu Tây và phân tích, so sánh chúng với các khái niệm quen thuộc của người Việt Nam. Như trong bài Cái quan niệm người quân tử trong triết học đạo Khổng ông có phần phân tích và so sánh giữa quan niệm người quân tử của đạo Khổng và người "chính nhân" (là chữ ông dùng cho l'honnête homme) trong văn hóa Pháp. Hay như ông có những bài Văn hóa Pháp đối với tiền đồ nước Nam hoặc Công cuộc chấn chỉnh quốc gia ở nước Pháp và khôi phục cổ điển ở nước Nam.

Văn du ký

Ông viết nhiều du ký ghi lại những điều quan sát, nhận định, nghị luận trong các chuyến du lịch đi Pháp và đi các vùng đất Việt Nam như:

• Mười ngày ở Huế (1918)
• Một tháng ở Nam Kỳ (1919)
• Pháp du hành trình nhật ký (1922)

Một số tác phẩm chính

• Văn minh luận
• Ba tháng ở Paris
• Văn học nước Pháp
• Chính trị nước Pháp
• Khảo về tiểu thuyết
• Lịch sử thế giới
• Lịch sử và học thuyết Voltaire
• Phật giáo đại quan
• Cái quan niệm của người quân tử trong Đạo Khổng
• Thượng Chi văn tập gồm 5 quyển, Nhà xuất bản Alexandre de Rhodes Hanoi ấn hành năm 1943.
• Tục ngữ - Ca dao (1932) - Đông Kinh ấn quán.

Về sách in sau này ở Việt Nam

• Mười ngày ở Huế, Nhà xuất bản Văn học - 2001
• Luận giải Văn học và Triết học, Nhà xuất bản Thông tin, 2001
• Pháp du hành trình nhật ký, Nhà xuất bản Hội Nhà Văn, 2004
• Thượng Chi văn tập, Nhà xuất bản Văn học, 2007
• Du ký Việt Nam, Nhà xuất bản Trẻ, 2007
• Phạm Quỳnh - Tiểu luận viết bằng tiếng Pháp, Nhà xuất bản Tri thức, 2007 (gồm những bài diễn thuyết, bài báo ông viết bằng tiếng Pháp từ 1922 đến 1932)

Ngoài sáu cuốn xuất bản sau này tại Việt Nam thì còn có cuốn Hành trình nhật ký in lần thứ hai tại San Jose, Hoa Kỳ vào năm 2002 (in thành sách lần thứ nhất tại Paris năm 1997) gồm các du ký: Mười ngày ở Huế, Một tháng ở Nam Kỳ và Pháp du hành trình nhật ký. Sách do bà Phạm Thị Hoàn (sinh 1926) là con gái Phạm Quỳnh đứng bản quyền.[cần dẫn nguồn]